ISO9001認證咨詢市場不規(guī)范的問題就十分突出。如有些咨詢機構不擇手段承攬合同，盲目承諾100%一次通過認證，搞變相的咨詢認證一條龍服務。少數咨詢師不當"教練"運動員，親自披掛上陣編寫計劃或填寫紀錄表格。文件化體系的內容千篇一律。程序上則偷工減料，技術上缺乏深度。選擇這樣的咨詢機構對一個希望通過貫標改善自身管理、提高效益的企業(yè)來說，無疑是有百害而無一利。
那么，在選擇ISO9001認證咨詢機構要注意以下三個問題：
一、咨詢工作是一種商業(yè)行為，企業(yè)在選擇咨詢機構時，不應盲目追求低價位，而應通盤考慮質量價格比。一個正規(guī)的咨詢公司經營成本中很大一塊是對咨詢人員的培訓支出；由于聘請了高素質的咨詢師而不得不支付高額的報酬；并且還需考慮咨詢的質量和企業(yè)獲證后的一些其他服務。如果咨詢公司的報價很低，往往不能保證咨詢人員的素質，在咨詢過程中偷工減料，給企業(yè)在以后的體系運行中埋下隱患。
二、咨詢機構部不能提供認證服務。咨詢認證一條龍服務是國家明令禁止的。有許多企業(yè)由于不能正確認識咨詢和認證的提供咨詢認證一條龍服務，一般的咨詢合同都約定當企業(yè)獲證時和同終止。而對企業(yè)來說獲證只是企業(yè)貫標的一個前期的階段。咨詢機構提供的服務在時間上比較短暫，企業(yè)把對認證機構的期望強加給咨詢機構，要求咨詢機構做出超出其能力范圍的承諾（如保證通過初次認證、對審核組織的要求、認證費用等）是不可取的。企業(yè)的認證合同和認證費用都是同認證機構直接交涉的。咨詢機構可以向企業(yè)推薦認證機構，或對認證費用做出估價，但不能對咨詢、認證費用進行總承包。否則，咨詢機構很有可能既攢工錢又攢料錢，搞暗箱操作。
三、適合企業(yè)的咨詢機構至少應具備以下基本要求：
1、技術力量雄厚。有能力密切跟蹤標準的更新信息，對標準的理念與要求有相當的深度，并能夠緊密地結合企業(yè)實際。
2、注重培訓，特別是質量意識的培訓。體系的有效性不僅取決于體系的完善程度，還取決于體系運行的實際承擔者的能力和意識。培訓工作不到位，是導致體系成為一張皮的主要原因。一個對企業(yè)負責的咨詢機構在撤出企業(yè)之后，企業(yè)已具備確保體系有效運行的人力資源。
3、派出的咨詢師不僅有廣泛的知識面，而且有相當的專業(yè)能力，與企業(yè)接觸后能很快掌握企業(yè)質量管理的重點和難點。
4、尊重企業(yè)員工及其意見，尊重企業(yè)的傳統(tǒng)文化。在體系的建立和試運行階段不脫離實際，實事求是，追求實效。不故弄玄虛，不弄虛作假，不偷工減料。維護企業(yè)利益。
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